Para registrar uma venda feita fora do checkout (ou gerar um link de pagamento):
Em Pedidos, clique em Criar pedido.
Adicione os produtos (o total é calculado automaticamente).
Se precisar, use Adicionar desconto e Adicionar frete ou entrega.
Em Cliente, pesquise e selecione o cliente; adicione Anotações se quiser.
Clique em salvar se o pagamento ainda não tiver sido capturado, agora se o pagamento do cliente já tiver sido capturado, clique em marcar como pago, selecione o método de pagamento e pronto.